インボイス制度│2つの経過措置の見直し
令和8年度税制改正により、インボイス制度の2つの経過措置が見直されました。
見直されたのは、以下の措置です。
・小規模事業者の税額控除（いわゆる2割特例）
・免税事業者からの仕入れ税額控除
どちらもインボイス制度による免税事業者の急な税負担増や売上減少を防ぐための措置です。
令和8年度税制改正では、これらの経過措置について、個人事業主を中心に内容を見直した上で、期限が延長されます。
一方で、経過措置が租税回避に利用されている事態に対応するため、一部は縮小されています。
■2割特例→3割特例へ（小規模なインボイス事業者向け）
●納税額が「売上税額×2割」→「売上税額×3割」へ
インボイス登録により免税事業者から課税事業者となった小規模事業者（法人を含む）には、現在、消費税の確定申告における納付税額を売上税額の「2割」にできる特例があります。この特例の適用期限は、令和8年9月30日の属する課税期間までです。
令和8年度税制改正では、この「2割特例」を新たに「3割特例」に見直した上で、個人事業主のみを対象に、令和9年分・令和10年分の消費税の確定申告まで延長します。
増税の簡単なイメージとしては、たとえば年間売上高800万円の事業主なら「約14.5万円→約21.8万円」となります。
令和10年分で特例の適用が終了したあとの令和11年分からは、本則課税か簡易課税を選択して確定申告を行うこととなります。
（※）売上のすべてを適用税率10％の取引と仮定した場合
計算式
・14.5万円…800万円×10／110×20％（2割特例）
・21.8万円…800万円×10／110×30％（3割特例）
●簡易課税が有利なケース
みなし仕入率が70％を超える業種であれば、3割特例よりも簡易課税で申告したほうが消費税の納税額を少なくできます。
みなし仕入率が高い業種については、卸売業で90％、小売業、飲食料品の譲渡を行う農林水産業などで80％になります。
●簡易課税に移行する手続き
簡易課税を適用するには、原則として、適用を受けようとする課税期間が始まる「前」に「消費税簡易課税制度選択届出書」を税務署に提出しなければなりません。
ただし、インボイス制度の2割特例や3割特例の適用を受けた次の課税期間から簡易課税に移行する場合は、簡易課税を始めたい課税期間の「申告期限」までに届出書を提出することで、その課税期間から簡易課税制度の適用を受けることができます。
たとえば、令和10年分で3割特例の適用を終える個人事業主は、令和11年分の申告期限にあたる令和12年3月末（同日が日曜のため、正確には令和12年4月1日）までに届出書を提出することで、令和11年分から簡易課税制度に移行できます。
（画像出典）令和8年度税制改正特集「インボイス経過措置の見直し等」
●法人について
「2割特例」は法人も適用対象でしたが、新たな「3割特例」は法人には適用されません。
これにより、法人は令和8年9月30日の属する課税期間の「2割特例」を最後に、この特例の対象ではなくなります。
（画像出典）令和8年度税制改正特集「インボイス経過措置の見直し等」
2割特例の期限は、「令和8年9月30日の属する課税期間」の確定申告までです。
上の図の法人は、個人事業主と同じ課税期間となる「12月決算法人」ですが、これが「3月決算法人」であれば、令和9年3月期（令和8年4月1日〜令和9年3月31日）が2割特例を適用できる最後の課税期間となります。
2割特例の終了後は、本則課税か簡易課税を選択して確定申告を行うこととなります。
■仕入税額控除の経過措置（免税事業者と取引する事業者向け）
●7割・5割・3割控除へ
インボイス発行事業者以外の者から課税仕入れを行う事業者には、現在、仕入税額に相当する額の「8割」を仕入税額とみなして控除できる経過措置が適用されています。
この「8割」は、令和8年10月から「5割」に減少する予定でしたが、令和8年度税制改正にて、令和8年10月から2年間は「7割」、その次の2年間は「5割」、その次の1年間は「3割」と引き下げ幅を緩和するとともに、経過措置の全体期間を2年延長することになりました。
改正後は以下のようになります。
【改正後】
| 期間 | 仕入税額とみなされる割合 |
|---|---|
| 令和8年10月1日 〜令和10年9月30日まで |
70% |
| 令和10年10月1日 〜令和12年9月30日まで |
50% |
| 令和12年10月1日 〜令和13年9月30日まで |
30% |
【改正前（参考）】
| 期間 | 仕入税額とみなされる割合 |
|---|---|
| 令和5年10月1日 〜令和8年9月30日まで |
80% |
| 令和8年10月1日 〜令和11年9月30日まで |
50% |
（画像出典）令和8年度税制改正特集「インボイス経過措置の見直し等」
●経過措置を適用する際の注意点
この経過措置を受ける際の帳簿や請求書の保存義務は、改正後も変わりません。
具体的には、免税事業者からの課税仕入れがあったとき、帳簿に「◯％控除対象」「免」など、経過措置の適用を受ける課税仕入れであることがわかる記載が求められます。
なお、免税事業者から受領した請求書等に「軽減対象資産の譲渡等である旨」、「税率ごとに合計した課税資産の譲渡等の税込価額」の記載がない場合、この2項目に限り、受け取った事業者がその請求書等に追記して保存することが認められています。
（参考）国税庁｜インボイス制度に関するＱ＆Ａ（問113）
●一つの免税事業者との適用上限は1億円に引き下げ
仕入税額に相当する額の「8割」を仕入税額とみなして控除できる経過措置では、一つの免税事業者などからの課税仕入れの合計額が10億円（税込み）を超える場合、その超過分については「8割」の経過措置が適用できない（仕入税額を控除できない）こととされています。
しかし、この経過措置が租税回避等に使われている事態を考慮し、令和8年10月1日以後に開始する課税期間（7割控除）から、この「10億円（税込み）」が「1億円（税込み）」に引き下げられることになりました。
| 課税期間 | 金額上限 |
|---|---|
| 令和8年9月30日までに開始する課税期間 | 税込み10億円 |
| 令和8年10月1日以後に開始する課税期間 | 税込み1億円 |
なお、与党税制改正大綱では、今後の取引実態等を踏まえ、更なる引き下げを検討する可能性があることが示されています。
■他の特例について
インボイス制度におけるその他の経過措置は継続中です。
●登録手続きの柔軟化（免税事業者向け）
免税事業者が新たにインボイス発行事業者となる際、申請により課税期間の途中からでもインボイス登録ができる措置が継続しています。
期限は、令和11年9月30日の属する課税期間までです。
この期間内に「適格請求書発行事業者の登録申請書」に登録希望日（提出日から15日以降の日）を記載することで、希望日からインボイス登録をすることができます。
●1万円未満の少額特例（一定規模の課税事業者対象）
インボイス制度において仕入税額控除を受けるには、通常、一定事項が記載された帳簿と請求書等の両方の保存が必要です。
ただし、「税込み1万円未満」の課税仕入れについて、帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められる「少額特例」があり、今も継続しています。
適用できる事業者は、基準期間における課税売上高が1億円以下（または特定期間における課税売上高が5千万円以下）の事業者であり、期限は令和11年9月30日までの課税仕入れです。
（※）課税期間の途中であっても令和11年10月1日以後に行う課税仕入れについては、少額特例の対象になりません。
■インボイス制度見直し後の適用期限一覧
